Das EFZN wird von einem Vorstand geleitet. Diesem gehört je ein Mitglied der Vertragspartner an. Die Vorstandsmitglieder und ihre Vertreterinnen oder Vertreter werden jeweils durch ihre Präsidien für eine Amtszeit von zwei Jahren entsandt.

Der Vorstand trägt die Verantwortung für die Wahrnehmung der Aufgaben des EFZN und entwickelt Konzepte für eine gemeinsame Forschungsstrategie der Mitglieder. Er ist für alle Angelegenheiten zuständig, soweit sie nicht durch die Rahmenvereinbarung oder einer darauf beruhenden Ordnung einem anderen Organ zugeordnet werden.

Der Vorstand besteht aus folgenden Mitgliedern: